یکی از محورهای اساسی و از سترگترین پشتوانه های امامت، دانش امام است که بر اساس آن بشریت از کوره راههای نابودی رهایی مییابد. شخصیت علمی امام علی النقی*ع* از همان دوران کودکی و پیش از امامت ایشان شکل گرفته بود. مناظرههای علمی، پاسخگویی به شبهه های اعتقادی و تربیت شاگردان برجسته نمونه های برجسته ای از جایگاه والای علمی امام علی النقی*ع* است.
او در همان کودکی مسائل پیچیده فقهی را که بسیاری از بزرگان و دانشمندان در حلّ آن فرو می ماندند، حل می کرد. گنجینه ای پایان ناپذیر از دانش و چکاد نشینی در بلندای بینش بود. دشمن ساده اندیش به خیال در هم شکستن وجهه علمی ایشان، مناظره های علمی تشکیل میدهد، ولی جز رسوایی و فضاحت ثمره ای نمی بیند. از این رو، به بلندی مقام امام اعتراف میکند و سر تسلیم فرود می آورد.
با این همه، متوکل، مانع نشر و گسترش علوم از سوی ایشان میشده همواره در تلاش بود تا شخصیت علمی امام علی النقی*ع*بر مردم آشکار نشود. از این رو، امامعلی النقی*ع* را تحت مراقبت شدید نظامی گرفته بود و از ارتباط دانشمندان علوم و حتی مردم عامی با ایشان جلوگیری میکرد.
دشمنان، پرتو گیتی فروز آن آفتاب علم و معرفت را میدیدند و خفاش صفت با چشمانی شبزده به خیال شب پرستی، از فروزندگی اش چشم فرو می بستند و با شمعی به جنگ آفتاب می رفتند و مناظره به راه می انداختند. با این حال، امام علی النقی*ع*با صبری بی پایان، لحظه ها را به کار می گرفت و تیرگی جهل را با نور دانش خود می زدود. او در بیان پرتوافشانی چهارده خورشید تابنده علم میفرمود:
اسم اعظم خدا هفتاد و سه حرف است. تنها یک حرف آن نزد آصف [بن برخیا] بود که وقتی خدا را بدان خواند، زمین برای او در هم پیچیده شد و تخت بلقیس را نزد سلیمان نبی آورد. آن گاه زمین گسترده شده و به حال اول خود برگشت. تمام اینها در یک چشم برهم زدن انجام گرفت، ولی نزد ما هفتاد و دو حرف از آن وجود دارد که یک حرف آن نزد خدا مانده (و بقیه را به ما داده) که در خزانه دانش غیب او به خودش اختصاص دارد.
امام علی النقی*ع* به تمامی زبانهای عصر خود از قبیل هندی، ترکی، فارسی و... آگاه بود و حتی نوشته اند که در جمع فارسی زبانان به زبان خودشان سخن میگفت.
اظهار نظرهای «یزداد نصرانی»، شاگرد «بختیشوع» درباره دانش امام علی النقی*ع* بسیار مهم است. او پزشک مخصوص دربار معتصم بود. چیرگی امام علی النقی*ع* در دانش، به اندازه ای او را مجذوب خود کرده که در توصیف مقام علمی ایشان گفته بود: «اگر بنا باشد آفریده ی را نام ببریم که از جهان غیب آگاهی داشته باشد، او (امام علی النقی*ع*) خواهد بود». این سخن نتیجه تنها دیدار کوتاه او با امام بود.
منبع : بحار الانوار ج50، دلائل الامامة