سرانجام توطئه دشمنان امام نقی علیه السلام به ثمر رسید و امام را به دستور معتزّ مسموم کردند. ابو‌دعامه میگوید:
«امام در بستر بیمارى بود و من براى عیادت نزد ایشان رفتم. هنگام بازگشت، فرمود: چون براى عیادت من آمدى، برگردن من حقّى پیدا کردى و رعایت حق تو بر من واجب است. او در بستر بیمارى آرمیده بود و شیعیان به دیدار امام می آمدند. آن حضرت به صورت کتبى و شفاهى، امام پس از خود را به آنان معرفى کرد تا پس از شهادت او، شیعیان دچار سرگردانى نشوند».
امام نقی علیه السلام در سوم رجب سال 254ق به شهادت رسید.
احمد بن داود می گوید:
«همراه عدّه‌ای از جمله محمد بن اسحاق اموال بسیارى را که خمس و نذورات مردم قم بود، با خود به قصد تحویل دادن به ابوالحسن می بردم. هنگامى که به مقصد رسیدیم، مردى که بر شترى سوار بود، پیش ما آمد و گفت: اى احمد بن داود و اى محمد بن اسحاق! من حامل نامهاى از سرورتان ابوالحسن هستم که برای شما نگاشته است مبنی بر اینکه من امشب به سوى بارگاه الهى رخت بر می بندم. پس، احتیاط کنید تا دستور فرزندم حسن(ع) به شما برسد».
ما با شنیدن این خبر، بسیار ناراحت شدیم و گریستیم؛ ولى این خبر را از دیگران که با ما بودند، مخفى داشتیم. به خانه امام نقی علیه السلام وارد شدیم. شخصى ما دو نفر را صدا زد و گفت: اى احمد و اى محمد! این نامه را بگیرید. در آن نوشته شده بود:
«به نام خداوند بخشایشگر مهرورز. از بنده امیدوار به رحمت خدا، حسن، به شیعیان و پیروان سوگوارش. اما بعد، خداى را برآنچه بر ما فرو فرستاد، سپاس می گویم و او را براى صبر زیبایى که به شما ارزانى داشت، شکر میکنم؛ چرا که او براى ما و شما، کافى است و برترین پشتیبان است».
در سوگ امام نقی علیه السلام
بازتاب خبر شهادت پیشواى شیعیان، قلب مردم ستمدیده را جریحه دار کرد. در روز شهادت امام، جماعت بسیارى از بنى هاشم، بنى ابیطالب و بنى عباس در منزل امام جمع شده بودند و شیون و زارى، سراسر خانه را آکنده بود. مردم به صورتهاى خود سیلى می زدند و گونه هاى خود را می خراشیدند و فریاد می زدند: «واى بر ما از بى کسى و بى یارى! واى بر مستمندان و یتیمان از تنهایى!»
شهر یک‌پارچه در سوگ آموزگارى بلند اختر و پدرى مهربان براى مستمندان و یتیمان نشست.
شیعیان بدن مطهر امام نقی علیه السلام را بر دوش گرفتند و از خانه ایشان بیرون بردند و از جلوى خانه موسى بن بغا گذشتند. وقتى معتمد عباسى آنان را دید، تصمیم گرفت براى عوام فریبى، بر بدن امام نماز بگزارد. از این رو، به دستور او بدن مطهر حضرت را بر زمین گذاشتند و او بر جنازه ایشان نماز خواند؛ در حالی که امام حسن عسکرى(ع) پیش از تشییع بدن مطهر پدرش، به اتفاق شیعیان نماز را خوانده بودند. بدن پاکیزه حضرت را در یکى از خانه‌هایى که در آن زندانى بود، به خاک سپردند.
ازدحام جمعیت به قدرى بود که حرکت کردن در بین آن همه جمعیت براى امام حسن عسکرى(ع) مشکل بود؛ در این هنگام، جوانى مرکبى براى امام آورد و مردم، امام را تا خانه بدرقه کردند.
ابو هاشم جعفرى که از نزدیکان امام نقی علیه السلام بود، قصیدهاى در رثاى امام خود با این مضامین سرود:
«آن هنگام که شنیدم بیمار شده اى، تب و اضطراب سراسر وجودم را فرا گرفت و زمین به لرزه در آمد. به من گفت: پیشواى تو، بیمار و نزار شده است. در پاسخ گفتم: سر و جان من فداى او باد! اینک دین، بیمار شده و ستارگان آسمان، در اندوه فرو رفتهاند. اى سرور من! شگفتا که تو به درد و رنج مبتلا شده اى؛ حال آنکه تو خود، طبیب همه دردهایى و همه دردها را مداوا میکنى و مردگان را زنده میکنى...
منبع: وفیات الائمه،منتهی الامال